Комунальний заклад "Комплексна дитячо-юнацька спортивна школа № 13 ХМР" співпрацює за напрямами своєї діяльності з Федераціями бадмінтону, баскетболу, дзюдо, кікбоксингу, спортивної аеробіки та футболу. Аспектами співпраці є:
-підготовка та формування збірних команд області та України;
-підвищення кваліфікації тренерив викладачів;
-міжнародні зв'язки.
КЗ "КДЮСШ 13 ХМР" співпрацює вищіми навчальними закладами міста Харків, а саме:
Харківська державна академія фізичної культури;
Харківськи накціональний педагогичний університет ім. Г.С. Сковороди;
Національний аерокосмічний університет ім. М. Є. Жуковського "Харківський авіаційний інститут";
Національний технічний університет "Харківськи політехнічний інститут".
Аспекти співпраці:
-профорієнтація вихованців-випускників;
-поліпшення матеріально-технічного забезпечення проведення навчально-тренувальних занять груп КДЮСШ